【答案】C

【解析】

影响酶活性的因素包括温度、PH以及变性剂和抑制剂，题干中提出，“根区低温处理会使甜瓜幼苗根系的琥珀酸脱氢酶（一种位于其线粒体内膜上，参与细胞有氧呼吸的重要的酶）的活性显著降低”，结合此关键信息准确判断。

A、低温会抑制酶的活性但不会改变酶的空间结构，而高温会改变酶的空间结构，A错误；

B、根系吸水主要是以自由扩散的方式进行的，温度会影响膜上分子的运动，从而影响自由扩散的速率，B错误；

C、琥珀酸脱氢酶活性降低会影响甜瓜幼苗根细胞的有氧呼吸速率，从而影响其吸收矿质元素的速率，C正确；

D、琥珀酸脱氢酶位于甜瓜幼苗根细胞中线粒体的内膜上，参与有氧呼吸的第三阶段，因此其不能催化丙酮酸的氧化分解，D错误。

故选C。