【答案】D

【解析】

生物的多样性：生物圈内所有的植物、动物和微生物，它们所拥有的全部基因以及各种各样的生态系统，共同构成了生物多样性。生物多样性包括基因多样性、物种多样性和生态系统多样性。

A．栖息地的破坏和丧失是生物多样性面临威胁的主要原因，A正确。

B．每种生物都是一个丰富的基因库，生物种类的多样性是由基因的多样性决定的，其实质就是基因多样性，B正确。

C．生态系统的多样性包括物种的多样性和生活环境的多样性，C正确。

D．将荒山改造为桃园，减少水土流失，体现了生物多样性的间接使用价值，D错误。

故选D。